石嘴山市科技馆为隶属市科学技术协会管理，主要职能包括开展科学技术知识宣传、普及工作，向公众提供科普知识咨询服务;举办科普作品、科学技术成果、科学技术产品展览展示等活动;收集和储存展示资料及实物，设计、制作和布展展览，并为公众参观提供演示、讲解等服务;开展科技培训、学术交流、科普讲座及青少年科学实验竞赛等实践活动。

下设4个职能部门，分别为办公室、展教部、外联部和技术保障部。

办公室：主要负责行政综合管理工作，起草科技馆综合性的工作报告、计划、总结等文件，负责档案管理、人事、财务计划管理、职工培训、申报职称及对外接待和信息交流等后勤保障工作，做好各科室的协调工作。

外联部：主要负责主题活动、系列活动的策划、运行管理;负责组织开展益于青少年学生健康发展的各种体验活动、科技活动辅导等;做好青少年示范项目的管理和推广，负责青少年科技创新活动策划及组织实施，开展与外地青少年科技活动交流;负责科技馆的对外宣传，做好临时展览、巡回科普展览、主题展览的引进及制作展出;以及组织科普讲座等活动。

展教部：主要负责常设展厅运营管理;展教人员及志愿者培训管理;科普剧编采制作;参观公众的接待;展品展项维护操作与管理及对外群众性科普活动的组织服务等。

技术保障部：主要负责馆内展品、展项的维修;技术改进与运行保障;馆内展区的场景改造;办公自动化设施设备的技术保养、使用保障和服务。负责科技馆展品的研制开发、新展品的采购、对外技术服务;馆内水电暖、电梯、空调等设备的使用、维护、保养及管理;消防安全、物资安全、配电室运行保障、保卫值班;室外绿化维护管理;室内设施与室外展项的维护、保障和管理等。